此时庭院的中心激活一道电梯，乘着它前往地下。换乘另一部电梯抵达居所，在卧室里见到须发苍白的尚恩，如今躺在床上奄奄待毙。
如果魅力够高，此时可说服他帮助主角，他说出一个密码，旁边的终端机可使一部分的合成年人停机。
访问终端机，里面有三个选项，选择“主保全封锁手动控制”完成任务目标，而“合成年人关机”选项可令沿途的合成年人停止运作，减少抵抗。
回去不能乘电梯了，而是由尚恩的房间出去，直接走旋转楼梯上行。穿过玻璃通道，可以看到一些呆若木鸡的合成年人，他们都被关机了。
沿着旋转楼梯下行，返回到庭院和伙伴们一起清理合成年人，一起进入先进系统的大门，从而进入反应炉车间。
往右边是一条维护通道，左侧墙上有三只炮塔，逐只摧毁再前进。
控制室里有台终端机，解开它的话可以启动辐射净化系统，减少辐射量。同时还可以关闭炮塔。随后进入车间消灭科学家和合成年人。
登上平台打开反应炉的大门，将核脉冲炸弹放置到里面。然后和戴瑟蒙娜交谈，诸人被工匠汤姆传送出去。
回到传送室这边，那个自称是尚恩的小男孩称呼主角为妈妈(爸爸)，他只是一名合成实验体，此时可选择带走他或者拒绝。
用传送机来到远处的建筑天台，主角按下了引爆器的按钮。轰隆一声巨响，火光烛天，整座学院化为废墟，连同它的逆天科技。
结局动画
我能感觉到一切向我袭来，热浪、震波、辐射……恐惧。
世界末日再度降临了，我闭上双眼，看见在这一切之前，核弹落下前的人生。
什么事都可能在转瞬间风云变色，你所规划的未来也会瞬间变样，无论你是否做好准备。人的一生中，总是会碰到这种事。
这不是我想要的世界，但我身陷其中。联邦，我的家园，分分合合。我以为，我希望……我能再次找到家人，骗过时光，再次团圆，回到从前的样子。
现在我明白了，我明白世界已经变了，前方的路将会困难险阻。我已做好准备，因为我了解战争。
战争永远不变。
几十年的努力，终于摧毁了学院的强权科技，使得铁路组织的愿景得以实现。
至此，铁路路线的主线任务完结。
不过，仇恨仍在土壤里深深扎根，学院的合成年人仍散落各地，会挑选适当时机反扑。主角重担在肩，不能松懈。
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