离开监视堡垒，按照普尔亚的指示前往4处发生异变的区域进行调查。这里笔者是按照右下卓拉领地—右上鼓隆城—左下格鲁德小镇—左上利特村的顺序进行探索。顺序并不固定，按个人喜好和意愿展开探索即可，前往指定地点的跑路流程不会放在攻略中。

　　抵达卓拉领地后，来到领地中心的雕像小广场，会看到三个人正讨论如何清理雕像上的淤泥。

　　利用水之果可以将雕像上的淤泥清理干净。

　　将雕像清理干净以后旁边的三人组会找林克对话，对话中得知为首的绿色卓拉女性正是卓拉族王子希多的未婚妻优娜。在了解林克的来意后，优娜希望他先去找希多王子见上一面。

　　前往雷兽山山顶的米法公园找到正在处理淤泥的希多，二人一番问候后边互相交换起有关塞尔达消失以及环境异变的情报。接着，希多让林克前往托托湖找学者基奥托了解有关遗迹和天空传说的事情。

　　可以从一旁士兵的空中得知托托湖的大致位置，也可以直接在地图上找到。

　　在托托湖的山洞里找到学者基奥托，此时他正在解读古代石碑，但却因为石碑缺损而感到苦恼。

　　在山洞入口处可以找到被淤泥包裹的石板残块。

　　用水之果清理掉淤泥后，使用究极手能力把石板运回山洞，重新放回石碑上。

　　复原石碑后，基奥托成功解读出石碑上的文字，但他对与石碑所述传说也并不是十分了解，于是便让林克去找多雷凡大王询问相关线索。

　　回到卓拉领地，在王座间会看到三个小孩正在玩扮演游戏，他们会提到多雷凡大王的秘密场所，但是如果站在他们面前听的话会被赶走。

　　来到往左间下方的疗养所，找准位置后用通天术能力钻到王座的围挡内，隔着围挡就可以偷听到三个小孩的对话，得知多雷凡大王的秘密场所位置。

　　回到领地后还要记得去疗养院找下优娜，她会提到修复卓拉铠甲的事情，需要林克收集远昔骨舌鱼来完成最后的修复工作。远昔骨舌鱼在天空岛的池塘中就能找到。将骨舌鱼交给优娜后会获得具有攀瀑能力的卓拉铠甲，攀瀑能力在后续卓拉区域的剧情探索中十分重要。

　　在卓拉领地后方往雷兽山方向看，有多段水质清澈的瀑布。

　　在米考湖和露露湖中间的瀑布后找到多雷凡大王所在的清流王居入口。

　　在清流王居中见到受伤的多雷凡大王，将塞尔达失踪的消息告诉他，接着多雷凡大王会将自己看到疑似塞尔达的人，并被其手下的怪物打伤的事情告诉林克。

　　随后将有关古代石碑的东西告诉多雷凡大王，他会赠予林克五枚王的鳞片。

　　回到米法公园找希多对话，将多雷凡大王受伤以及古代石碑传说的事情告诉他。

　　接下来是解谜时间，在米法公园东侧的天空中可以看到周围漂浮着碎岩的流水浮岛。如果从浮岛上方看，浮岛本体部分呈现出鱼的形状刚好对应了传说中的“空鱼”。

　　登上空鱼浮岛后，站在岛中心的平台上，往西南方向的东部储水湖看去，会看到漂浮碎岩拼成一个水滴状的图案。在箭头装上王的鳞片然后射穿水滴触发剧情。