第三阶段要破坏25个箱子，来阻止飞机坠落，在刚进场景时左手边的箱子里就有一件服装：小丑。打到机舱后端，内侧的箱子有一枚生命碎片，千万不要不小心把箱子吹出机舱外，不然就要重打一次啰…

　　箱子破坏完后，要先面对两架生化直升机，打法没啥改变，反弹他的导弹到他摔到机翼上，然后拔出猎鹰双刀解决他吧！

　　接下来是三头妖蟒的另一个头，这次多了会爆炸的小虫在旁边干扰，除了注意自己的HP之外，还要注意飞机的HP。建议以猎鹰双刀搭配旋风手里剑进行攻略，超忍力并没有太大帮助，且会造成忍力的消耗并受到较大的损伤，不是很建议在这一战使用。

　　打完后进入最后头目：三头妖蟒的核心。他的攻击方式如下：

★ 用嘴发动嘴炮…呃…是发射电球，但被击中不会被麻痹。
★ 用之前被击败的两个头发动火球、冲咬等招数。

　　由于他的头会摆来摆去，近距离很难造成有效率的伤害，建议让猎鹰双刀升级到三级，按RT+Y键连打，这样猎鹰双刀会带著小川剑像直升机一样飞起，并给予广范围的攻击。超忍力在这一战就比较重要了，抓对时机使用的话，这王也不难打。

　　打完妖蟒后，就会进入QTE，玩家可以在这个时候看到忍者是怎么让飞机迫降的…(汗)。随著飞机安全降落，第四章也在此划下句点啰！