故事上，《红色派系：末日审判》以前作主角的孙子Darius Mason为核心，在Darius的年代，火星地表遭到不明陨石袭击，迫使殖民者避居地底的矿坑。好死不死，这时Darius无意间放出了沉眠火星地底的邪恶外星种族，造成了殖民者陷入灭亡危机，这也正是游戏标题「Armageddon(末日)」的由来。

在《红色派系：末日审判》里，玩家的首要目标不再是来自地球的邪恶压迫者，而是火星地底的恐怖外星人。虽然《红色派系》系列是科幻背景，但这种天外飞来一笔外星人的突兀程度简直像是史蒂芬史匹柏跳出来公布《抢救雷恩大兵》的续集将以宁静海登陆战为背景似的，不过Eric Barker向我们保证，屠杀外星人保证玩起来比听起来有趣许多：《红色派系：末日审判》的目标在于营造比《游击战队》更强大的爽快感，杀异形只是众多改变中的一环。