本作故事设定在1950年代开始，当杀手47号还是特殊调查员时，当时有个相当特殊的五人团体，这五个人有着相同遭遇的出生背景，他们加入了法国的特殊部队，在私底下研究如何使用让无生命的生物还能够生存作战的病毒程序，虽然最后他们的基地被发现，但是这五个人并没有死，还顺利逃了出去，另一方面，在罗马尼亚的公立医院当中，有个叫Ort-Meyer的医生成功的研究出能使人类老化速度变慢的血清，这对他们五人团体的研究有着相当大的帮助，当然这个医生变成了许多团体所追杀的目标，而正好47号在欧洲执勤的期间碰到了医生，没多久就被卷入了血清争夺战当中。

本作故事主要叙述杀手47号步入杀手生涯的历程，虽然最后47号选择消失匿迹，但是之后的事件让他觉得，有金钱价值的生活和任务比起匿迹的生活要好的许多，这也是杀手47号行成的原因

由于本作从杀手47号在身为探员的时代来进行游戏，游戏中也多了许多不一样的敌人，从警卫到黑社会，两方的人马都想致47号于死地，其中还有一个由Meat King所领导的团体，这个团体是个冷血的杀人集团，游戏当中除了要躲避警察之外还要想办法闪避这些黑社会的追杀而完成任务，而47号之所以接下任务的理由，只是为了赚取更多的金钱来和这些人对抗，比起二代来说，三代的故事更加紧凑，绝对让玩家像在看电影一般的感受杀手社会的残酷，至于47号要如何对抗这两大势力，就看玩家的游戏技巧啰！

这一代的基本武器和二代差不多，当玩家游戏到越后面会有越多武器可以使用，当然也新增了一些奇怪的武器，像是可以直接刺穿敌人的尖刃勾之外，还可以使用毒剂到敌人后方注射让他致死，而47号这次也多了许多动作，像是可以使用过肩摔等等，每一个关卡许要用什么武器这点就相当重要，别忘了玩家的任务是暗杀，无声无息的杀死敌人才是最高境界，而且本作也多了许多不一样的敌人，之前的二代几乎都是黑社会的帮派分子，本作则多了许多刑警类型的敌人。

三代当然玩家也可以利用伪装混入敌人当中，运用二代相同的技巧，敌人也会有所谓的怀疑值出现，当玩家所伪装的装扮在敌人面前晃太久，有些敌人也会识破玩家的伪装，这时就会群起攻击47号，除了装扮成敌人的样子，当然也可以装扮成警卫的样子，不过本作AI又更高了一些，许多敌人都会质问装扮后的47号，当然玩家也可以选择让他跟随你之后到暗处解决他。